El Patio de Filósofos o de Continuos, al que se accede, a través de un pasadizo, desde el Patio de Santo Tomás de Villanueva, fue construido entre los años 1530 y 1535.

Fue el encargado de realizar esta obra don Juan de la Riba quien, contrariamente a lo que se cree, lo terminó completamente. Constaba originariamente de dos cuerpos y era de grandes proporciones.

Debe su primer nombre a que en él confluían las aulas dedicadas a los estudios de Filosofía. El segundo sobrenombre es debido a que a través de él se accedía a las dependencia de los criados o "continos".

Antonio Ponz, en su "Viaje por España" de 1781, describe este patio, del que ya por entonces sólo se conservaba una de las fachadas, como una crujía formada por 32 columnas en dos pisos, 16 en cada una de las plantas, siendo de orden compuesto y trabajadas en mármol. Entre los arranques de los arcos había colocadas algunas cabezas, de mayor tamaño que el natural, de carácter grandioso. Este mismo autor lo define como el más monumental de los patios universitarios alcalaínos.

Era el lugar donde se encontraban las salas de audiencias del Rector, Escribanos, Notarios y Procuradores. También estaban los almacenes de leña, carbón y harina, comunicando mediante una puerta en arco de medio punto con la cárcel universitaria.

A su izquierda se abría la llamada "Puerta de Burros", por donde salían al callejón de San Pedro y San pablo los estudiantes suspendidos para ser "manteados". De esta costumbre universitaria procedería la expresión "ser un manta".

Sin embargo, a mediados del siglo XIX, sus propietarios privados derruyeron lo poco que de él se había conservado, y sus materiales fueron desmantelados y aprovechados para otras construcciones.

Lo que hoy vemos es, en gran parte, una restauración basada en planos de planta del siglo XIX, desconociéndose su verdadero diseño completo.

En la actualidad hay en él un hermoso jardín. Cuenta, además, con un bellísimo cruceiro gallego instalado en 1960 y, en su centro, con una losa en la que aparecen representados dos cisnes.