La Ermita de San Isidro fue fundada por Juan Castillejo en el año 1650 y encomendada a la Hermandad de los Labradores.

Inicialmente, quedaba situada extramuros de la ciudad en un solar próximo al antiguo cementerio judío. En aquella época, sólo se abría el día 15 de mayo de cada año, fecha de la festividad del santo patrono en la que se realizaba una procesión y se celebraba una romería en los campos que la rodeaban.

Con el paso del tiempo, y debido al fuerte crecimiento urbanístico del Alcalá, la ermita quedó finalmente fue absorbida por la ciudad y, en 1967, pasó a ser parroquia de una nueva barriada.

La construcción, de altura considerable, está realizada en ladrillo y con los característicos cajones de tapial.

La iglesia, de planta de cruz griega, tiene un curioso retablo "fingido", pintado al fresco, que sustituye al original que desapareció tras la toma de la ciudad por los franceses en el siglo XIX.

La obra es de Manuel Laredo, autor del cercano Palacio de Laredo, y está fechada en 1885. Representa, en un atrevido juego de perspectivas, una prolongación de la capilla simulando la terminación o remate de ésta en un ábside semicircular. En el centro, un tabernáculo cubierto por un cupulín elíptico, todo ello imitando mármoles y jaspes, y bajo él la imagen de la Inmaculada Concepción. A cada lado de la composición encontramos las figuras de San Antonio Abad y de Santa Bárbara.