El Convento del Carmen Calzado fue fundado en el año 1563, y, posteriormente, en 1657, se abrió su Colegio.

Ocupa una manzana delimitada por las calles de Santa Úrsula (antiguamente de la Justa), del Carmen Calzado (antes Manteros) y de las Escuelas. Parece ser que la Iglesia es la edificación más primitiva del conjunto. Seguramente fue profundamente remodelada con posterioridad, ya que hay signos evidentes de haber sido modificada sustancialmente.

Cabría pensar que el convento se fundó sobre una iglesia de menor entidad, adosando el edificio original un cuerpo de capillas laterales, el claustro y restantes dependencias del conjunto.

Ya entonces se reformó la cubierta demoliendo la de madera a dos aguas y sustituyéndola por bóveda (hoy desaparecida) o bien introduciendo bajo esa cubierta una bóveda ornamental formada por arcos fajones y relleno de escayolas y yesos enmoldurados que más tarde dieron lugar al estilo llamado Ignaciano con el que se remodelaron un importante número de templos en nuestro país durante los siglos XVII y XVIII.

Actualmente, todo el edificio está siendo objeto de una importante rehabilitación para su utilización como sede de diferentes estamentos de la Universidad de Alcalá.