El Colegio Menor de Mínimos de San Francisco de Paula o Santa Ana fue fundado, en 1587, gracias a don Bartolomé de Santoyo, secretario de Felipe II.

Inicialmente, en el año 1553, los mínimos de San Francisco de Paula fundaron el colegio de su orden en unas casas, cedidas por el rector del Colegio Mayor de San Ildefonso, situadas dentro del entonces recinto universitario.

Ante la situación de pobreza en que se encontraban, el mencionado Bartolomé Santoyo y su mujer Ana Ondegardo, ayudaron a la orden en la construcción de un nuevo colegio con la condición de que estuviera bajo la advocación de Santa Ana.Por este motivo se trasladaron a su actual emplazamiento en la plaza de la Victoria.

En el año 1580, se empezó a construir su iglesia, que sería acabada alrededor de 1593. Fue la primera iglesia alcalaína que abandonó las tradicionales formas gótico-mudéjares para seguir un planteamiento de tipo clasicista.

La fachada ha sufrido muchas transformaciones aunque conserva el frontón, sobre el cuerpo central, y la portada adintelada de piedra, coronada por un templete con el escudo de los Santoyo, y por una hornacina, en la que estuvo la imagen de San Francisco de Paula.

En el interior, la planta de la iglesia es de cruz latina, con capillas laterales en hornacina y cúpula sobre pechinas.

El colegio, que se inició después de acabar las obras del templo, estaba sin finalizar en 1614, fecha en la que se hace cargo de los trabajos Sebastián de la Plaza.

La estructura de edificación se realiza en torno a un interesante patio conventual. Éste es de dos alturas; la inferior de arcos de medio punto de ladrillo sobre pilastras de piedra, y el superior con arcadas de ladrillo con archivoltas en degradación.

Tras la desamortización del S. XIX, se convierte en Hospital y Farmacia Militar, agregándose una tercera planta.

En los años setenta pasó a ser propiedad de la Universidad de Alcalá, que lo restauró para albergar, a partir de 1980, la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales. La iglesia se dividió en dos: la planta superior se usa hoy como Aula Magna y la inferior para aulas, despachos y secretaría.