A la vez, a partir de 1950, Alcalá entra en una fase de industrialización acelerada que propiciará el despegue definitivo en los sesenta, cuando Alcalá pasará de 25.000 habitantes a los 150.000.

En 1968 el casco histórico de la ciudad superviviente es declarado Conjunto Histórico Artístico, quedando así preservado de posibles atentados urbanísticos que el importante crecimiento económico propiciaba.

Por otro lado, ese mismo año se crea la Universidad Autónoma de Madrid con sede en Alcalá de Henares. La ciudad cederá los terrenos necesarios, pero ante su estupor el 31 de marzo de 1969 esta Universidad se traslada a "El Goloso" (Madrid). No será hasta 1977, por Real Decreto de 10/6, cuando se crea la Universidad de Alcalá.

Coincidiendo con este feliz acontecimiento, regresan a Alcalá los restos del Cardenal Cisneros que son depositados bajo una lápida en el Altar Mayor de La Magistral.

Desde el punto de vista literario, se crea en 1975 el Premio Cervantes; el más importante en lengua castellana.

Por último, señalar que en 1984 se elabora y aprueba un importantísimo Plan Especial de Rehabilitación Integral que comienza con diez proyectos y que, aunque hoy sigue en desarrollo, culmina con la Declaración de Alcalá como Ciudad Patrimonio de la Humanidad en 1998.