Alcalá de Henares comienza el siglo XX con una población de 10.000 habitantes y la añoranza del pasado. Será en esta centuria cuando comienza, con altibajos, una lenta pero importante recuperación.

La vida social se desarrolla en torno a casinos o círculos culturales. La guarnición militar es muy numerosa; hay tres regimientos de Caballería y, a veces, uno de Infantería. En 1912 se instalará en el aeródromo militar la Escuela de Aeronáutica y en 1947 se crea la primera Brigada Paracaidista del ejército del Aire.

En el aspecto monumental destacar, en una primera etapa, la recuperación y posterior colocación en el patio de Santo Tomás, en 1913, de la estatua de Cisneros; la declaración, el 19 de marzo de 1914, como Monumentos Histórico-Artísticos de la fachada de la antigua universidad y la primera crujía del Colegio Mayor; la construcción, ese mismo año, por la Sociedad de Condueños del Hotel Cervantes, hoy Colegio de Santo Tomás, en la Plaza Cervantes; y la inauguración, en 1926, de la ermita del Val.

Además, en 1928, se reforma la fachada del Ayuntamiento y en 1929 la Sociedad de Condueños cede al Patronato de Turismo el Colegio de San Jerónimo o Trinlingüe, que posteriormente, tras su restauración, se convertiría en la Hostería del Estudiante.

Sin embargo, todo este trabajo se vino abajo con la Guerra Civil. Durante la contiendan desaparecerán la mayor parte de las obras de arte y objetos de valor que habían sobrevivido al expolio de las tropas francesas. Se producen numerosos actos vandálicos y se queman o roban imágenes, cuadros, tapices y documentos. Además, Alcalá sufriría durante la guerra 132 bombardeos que destruirían entre otras edificaciones; la Parroquia de Santa María la Mayor (de la que queda sólo la torre) y el patio Trilingüe.

Por si fuera poco, en agosto de 1939, recién finalizada la guerra, un incendio arrasaría el Palacio Arzobispal y el importante patrimonio documental que allí se encontraba como Archivo General.

Ya en la posguerra se acometería, de nuevo, la tarea de reconstruir la ciudad y recuperar el aspecto que había tenido en épocas pasadas. Así, en 1941 comienza la restauración de la Iglesia de San Ildefonso, que no se terminaría hasta 1960; en 1945 se rehabilita el Colegio de Málaga y en 1947 le toca el turno a La Magistral.

A la vez, a partir de 1950, Alcalá entra en una fase de industrialización acelerada que propiciará el despegue definitivo en los sesenta, cuando Alcalá pasará de 25.000 habitantes a los 150.000.

En 1968 el casco histórico de la ciudad superviviente es declarado Conjunto Histórico Artístico, quedando así preservado de posibles atentados urbanísticos que el importante crecimiento económico propiciaba.

Por otro lado, ese mismo año se crea la Universidad Autónoma de Madrid con sede en Alcalá de Henares. La ciudad cederá los terrenos necesarios, pero ante su estupor el 31 de marzo de 1969 esta Universidad se traslada a "El Goloso" (Madrid). No será hasta 1977, por Real Decreto de 10/6, cuando se crea la Universidad de Alcalá.

Coincidiendo con este feliz acontecimiento, regresan a Alcalá los restos del Cardenal Cisneros que son depositados bajo una lápida en el Altar Mayor de La Magistral.

Desde el punto de vista literario, se crea en 1975 el Premio Cervantes; el más importante en lengua castellana.

En 1984 se elabora y aprueba un importantísimo Plan Especial de Rehabilitación Integral que comienza con diez proyectos y que, aunque hoy sigue en desarrollo, culmina con la Declaración de Alcalá como Ciudad Patrimonio de la Humanidad en 1998.

El 11 de marzo de 2004 se producen los mayores atentados de la historia de España. Alcalá de Henares queda profundamente afectada porque los trenes atacados partieron o pararon en su estación.24 Un buen número de las víctimas eran residentes en la ciudad.

En 2005, la ciudad afronta la celebración del IV Centenario de la publicación de El Quijote desde su nueva condición como Gran Ciudad, puesto que la urbe complutense se acoge a la Ley de Modernización de las Administraciones Locales o «Ley de Grandes Ciudades». De esta manera, el ayuntamiento gozará de más competencias y autogobierno. Una de las consecuencias visibles es la reducción de los 9 distritos (delegaciones municipales) a las 5 juntas de distrito: Centro, Reyes Católicos, Chorrillo-Garena, Ensanche–Espartales y El Val.