En el mes de mayo del año 1597 llegó a la iglesia de los jesuitas, hoy de Santa María, un foráneo pidiendo el sacramento de confesión. Le asistió el padre Juan Juárez, ante el cual el desconocido reconoció haber asaltado una iglesia y robado sus vasos sagrados con las sagradas formas. Arrepentido de sus actos le entregó, además, las veinticuatro formas envueltas en un paño.

El padre Juárez informó de este hecho al superior de la orden Gabriel Vázquez, el cual, por conocer que por este método habían sido envenenados otros sacerdotes en Segovia, Murcia y otros lugares, decidió, en lugar de consumirlas, guardarlas. Metieron las sagradas formas en una cajita de plata con la siguiente nota; "léase esta nota y hágase lo que se dice. Una vez descompuestas háganse desaparecer en el fuego o en el agua".

Transcurrieron once años y las sagradas formas permanecían frescas, por lo que, en 1608, el provincial de Toledo, Luis de Palma, de visita por la iglesia, ordenó que fueran colocadas en una sala húmeda con el fin de acelerar su descomposición junto a otras formas sin consagrar. Transcurrido cierto tiempo, se comprobó que éstas se habían estropeado pero que las otras se mantenían en el mismo estado.

Seis años después el padre Palma hizo que fueran examinadas por el doctor García Carrero, el cual, tras un pormenorizado examen, declaró que aquel fenómeno no podía deberse a causas naturales. Los miembros de la Universidad de Alcalá admitieron las pruebas aportadas por el doctor.

El 16 de julio de 1619 el rector don Francisco Robledillo se dirigió al vicario general de Alcalá de Henares, Cámara y Murga, para solicitarle que declarase público el milagro, hecho que se realizó en pública procesión por las calles de Alcalá.