Gonzalo, después Francisco, Ximénez de Cisneros nace el año 1436 en Torrelaguna (Madrid) en el seno de una familia hidalga venida a menos, siendo el mayor de tres hermanos.

A los siete años de edad fue llevado a Cisneros (Palencia), donde vivía un tío suyo que pronto lo enviaría a la villa de Cuellar donde comenzaría a estudiar letras. Tres años después marcha a Alcalá para estudiar gramática. Posteriormente, pasa por la Universidad de Salamanca donde inicia estudios de Filosofía, Derecho Civil y Derecho Canónico. Para mantenerse se hizo pasante de estudiantes ricos.

Posteriormente, los negocios de su padre le llevan a Roma para hacer el seguimiento de un pleito de gran importancia. Allí pasaría siete años y, parece ser, que se ordenó de presbítero y obtuvo el empleo de abogado.

A la muerte de su padre, sobre 1466, regresa a España con un mandato de providendo, documento que le faculta para ocupar la primera plaza vacante que le interese. Elige el arciprestazgo de Uceda (Guadalajara), pero no lo obtiene, en principio, ya que el arzobispo de Toledo, don Alfonso Carrillo, lo reservaba para un familiar suyo. Ante las negativas de Cisneros a renunciar a sus derechos, será encarcelado, primero en el castillo de Uceda y luego en el de Santorcaz, hasta que finalmente es nombrado arcipreste de Uceda.

Al poco, obtiene la dignidad de capellán mayor del Cabildo de Sigüenza Guadalajara) bajo la protección de su amigo el cardenal Mendoza. En esta localidad estudiaría el hebreo y el griego.

En 1484 da un giro radical a su vida; renuncia a la capellanía mayor, reparte sus bienes entre los pobres y entra en el convento de Salceda donde toma los hábitos franciscanos. Enterado el provincial de la orden de sus grandes cualidades, lo envía a Toledo a continuar su noviciado en San Juan de los Reyes, donde profesó, en 1485, cambiando el nombre de Gonzalo por el de Francisco. Pasará después tres años en el Convento del Castañar haciendo vida de penitente, para volver luego a la Salceda donde fue primero guardián y luego provincial de la orden en Castilla.