La alusión más antigua a Alcalá entre cronistas árabes se remonta a los primeros años de la conquista de la Península por Tarik y están relacionadas con la leyenda de la "Mesa de Salomón", según la cual dicho caudillo la encontró en la ruinosa Complutum en el transcurso de una expedición militar desde Toledo a Guadalajara, siglo y medio antes, aproximadamente, de que se establecieran los árabes en esta localidad.

Dejando a parte la leyenda, la primera cita cierta es del año 920. Nos cuenta Al-Bayan-Al Mugrib, que, en ese año, el gobernador de Guadalajara derrotó a una expedición de leoneses en Al-Qul'aya (el castillejo). Leví Provenzal identifica ese castillejo con la pequeña ciudadela árabe alcalaína.
Muqtabas de Ibn Hayyan data la fundación de dicho emplazamiento en el año 825, durante el emirato de Abd al-Rhman II y afirma que se debió a Faradj, señor de Guadalajara.

En el año 1009 el tamaño de la construcción ha crecido y Ibn al-Jatib la designa como Al-Qal´at Adb al-Salam (el castillo de Abd al-Salam). A partir de ese momento también los cristianos se refieren a ella como Alcalá, Alkalagam o Alcalá. Con el tiempo, también sería conocida como Al-Qal´at Nahar o Castillo sobre el Henares.
Al margen del enclave militar musulmán de Al Qal´at, una minoría cristiana siguió viviendo en el antiguo emplazamiento de la Complutum visigótica alrededor del recuerdo de los Santos Niños.

En el año 748 había llegado a venerar las santas reliquias el monje francés San Urbez, a quien se le entregaron para evitar su profanación por parte musulmana. Éste las trasladó a Burdeos (algunos afirman que a Narbona), pero poco después volvió a cruzar los Pirineos y las depositó en el monasterio que fundaría en Nocito, en la sierra de Guara (Huesca). A su muerte fue enterrado, siguiendo sus deseos, junto a los Santo Niños, cuyas reliquias seguirían allí hasta 1499, año en el que fueron trasladadas a la iglesia de San Pedro el Viejo de Huesca. Éstas no volverían a Alcalá hasta el 7 de marzo de 1568.

La comunidad mozárabe subsistió hasta el siglo XI en que se trasladó a la vecina Guadalajara.

El rey Alfonso VI, tras conquista de Toledo en el año 1085, encargará al arzobispo toledano don Bernardo la toma de Alcalá. Éste se apoderará de la antigua Complutum, pero no de la fortaleza a la que somete a asedio infructuosamente. Efectivamente, el poblado árabe de la ribera caerá en el 1088. Se dice que el castillo fue tomado temporalmente en el año 1095, pero que volvió a caer en manos musulmanas en el 1098.